Het belangrijkste verschil tussen glyoxysomen en peroxisomen is dat glyoxysomen alleen aanwezig zijn in plantencellen en filamenteuze schimmels, terwijl peroxisomen in bijna alle eukaryote cellen aanwezig zijn. Glyoxysomen zijn overvloedig aanwezig in plantencellen van ontkiemende zaden, terwijl peroxisomen overvloedig aanwezig zijn in lever- en niercellen.
Deze twee organellen zijn microlichamen die aanwezig zijn in eukaryote cellen. Glyoxysomen zijn gespecialiseerde peroxisomen die alleen in plantencellen en filamenteuze schimmels voorkomen. Peroxisomen zijn organellen die helpen om lange vetzuurketens af te breken en de cel te ontgiften. Ze breken alcoholen en andere schadelijke stoffen af.
