Het belangrijkste verschil tussen vrij chloor en totaal chloor is dat het vrije chloor de hoeveelheid chloor is die pathogene micro-organismen in het water kan inactiveren, terwijl totaal chloor de som is van gecombineerd chloor en vrij chloor. De waarde van het vrije chloor is altijd lager dan de waarde van het totale chloor.
Gecombineerd chloor is de hoeveelheid chloor die reageert met stikstofhoudende verbindingen die in het water aanwezig zijn. Daarom is dit chloor niet beschikbaar voor het desinfectieproces van water. Dit betekent dat de term totaal chloor de totale hoeveelheid chloor aangeeft die beschikbaar en niet beschikbaar is voor het inactiveren van pathogene (ziekteverwekkende) micro-organismen in water.
