Het belangrijkste verschil tussen genetisch materiaal van prokaryoten en eukaryoten is dat genetisch materiaal van prokaryoten in het cytoplasma drijft omdat ze geen kern hebben, terwijl het genetisch materiaal van eukaryoten zich in de kern bevindt. Een ander belangrijk verschil tussen is dat de prokaryoten een klein genoom hebben en plasmiden bevatten. Ze hebben ook een groot opgerold dubbelstrengs circulair chromosoom, terwijl eukaryoten een groter genoom hebben en geen plasmiden bezitten.
Prokaryoten en eukaryoten zijn twee soorten organismen. Bacteriën en Archaea zijn prokaryoten. Prokaryoten hebben een eenvoudige cellulaire organisatie. Ze hebben geen kern en echte organellen. Aan de andere kant hebben eukaryoten een complexe cellulaire organisatie met een membraangebonden kern en echte organellen. Schimmels, protisten, planten en dieren zijn eukaryoten.
