Het belangrijkste verschil tussen medicinale chemie en farmaceutische chemie is dat medicinale chemie zich bezighoudt met het ontwerpen, optimaliseren en ontwikkelen van nieuwe chemische verbindingen om ze als medicijnen te gebruiken, terwijl farmaceutische chemie zich bezighoudt met de studie van medicijnen en hun ontwikkeling.
Zowel medicinale chemie als farmaceutische chemie hebben te maken met de medicijnen of medicijnen die we gebruiken om verschillende ziekten te behandelen. Beide velden behandelen het ontwerpen en ontwikkelen van geneesmiddelen met zeer kleine verschillen. Een van die verschillen is dat medicinale chemie niet alleen onderzoek doet naar medicijnen, maar ook naar de werkingsmechanismen van deze medicijnen in ons lichaam.