Het belangrijkste verschil tussen groene chemie en milieuchemie is dat de groene chemie een chemische techniek is, terwijl de milieuchemie een discipline is.
Groene chemie is afvalbeheer. Maar het omvat ook het beheer van afval dat ontstaat tijdens een bepaald chemisch proces. In het bovenstaande belangrijkste verschil betekent een discipline "een tak van kennis". Daarom is milieuchemie een tak van kennis waarin we kunnen bestuderen over chemische aspecten van chemie. Deze tak van chemie omvat analyse van verontreinigende stoffen in de natuur en analyse van bodems, met vele andere velden.