Het belangrijkste verschil tussen endopeptidase en exopeptidase is dat het endopeptidase peptidebindingen binnen de eiwitmoleculen verbreekt, terwijl het exopeptidase peptidebindingen aan de uiteinden van de eiwitmoleculen splitst.
Eiwitten zijn belangrijke macromoleculen, die essentieel zijn voor de meeste biochemische reacties die in alle organismen voorkomen. Verschillende aminozuren komen samen en vormen deze eiwitten. Bovendien katalyseren enzymen de hydrolyse van eiwitten terug tot aminozuren. Het zijn specifieke enzymen die proteasen of peptidasen worden genoemd. Daarom hebben ze het vermogen om peptideketens van eiwitten af te breken tot aminozuren. Bovendien kunnen peptidasen endopeptidasen of exopeptidasen zijn.
