De belangrijk verschil tussen kolonisatie en infectie is dat kolonisatie het proces is van vestiging van de microbe in de lichaamsweefsels, terwijl infectie het proces is waarbij de microbe lichaamsweefsels binnendringt om de symptomen van de ziekte te veroorzaken.
De pathogeniteit van microben is een volledig biochemisch en structureel proces dat wordt bepaald door het volledige mechanisme waarmee het micro-organisme de ziekte veroorzaakt. De pathogeniteit van bacteriën kan bijvoorbeeld worden geassocieerd met verschillende componenten van de bacteriële cel, zoals capsule, fimbriae, lipopolysacchariden (LPS) en andere celwandcomponenten. We kunnen het ook associëren met de actieve afscheiding van stoffen die de gastheerweefsels beschadigen of de bacteriën beschermen tegen de afweer van de gastheer. Kolonisatie en infectie zijn twee termen in microbiële pathogeniteit. De eerste fase van de microbiële pathogeniteit is kolonisatie. Het staat bekend als de juiste vestiging van de ziekteverwekker in de gastheerweefsels. Integendeel, infectie is de invasie van lichaamsweefsels door de ziekteverwekker om de ziekte te veroorzaken.
