Het belangrijkste verschil tussen kruisinfectie en secundaire infectie is dat kruisinfectie verwijst naar de overdracht van schadelijke micro-organismen van een andere persoon, medische apparatuur of hulpmiddelen, terwijl secundaire infectie een infectie is die optreedt tijdens of na de behandeling van een andere infectie.
Infecties kunnen worden voorkomen door schone en grondig ontsmette gebieden rond patiënten te onderhouden. Daarom wassen artsen hun handen vaak. Bovendien worden binnen de ziekenhuizen steriele omgevingen gehandhaafd. Kruisinfectie en secundaire infectie zijn twee soorten infecties waarvan patiënten moeten worden gered.