Het belangrijkste verschil tussen allogene en autologe transplantatie hangt af van de bron van de stamcellen voor transplantatie. Bij allogene transplantatie worden nieuwe stamcellen van een andere donor gebruikt, terwijl bij autologe transplantatie de eigen stamcellen van de patiënt worden gebruikt.
Stamcellen zijn ongedifferentieerde cellen die zich kunnen delen en differentiëren in verschillende andere soorten cellen. Bijgevolg hebben deze cellen het vermogen tot zelfvernieuwing. Daarom vormen ze de basis voor onze organen en weefsels. Bovendien fungeren ze als een herstelsysteem van ons lichaam. Omdat de stamcellen in staat zijn om meer dochtercellen van hetzelfde type te produceren of zich te differentiëren in specifieke celtypen, worden ze gebruikt in stamceltherapieën om slecht functionerende of zieke weefsels te vervangen door gezonde weefsels. Stamceltherapie kan allogeen of autoloog zijn. Het hangt af van de nieuwe stamcellen die worden gebruikt om het weefsel bij transplantatie te vervangen. Als bij de stamceltherapie de gebruikte stamcellen van de patiënt zijn, staat dit bekend als een autologe transplantatie. Maar als het van een andere donor is, wordt het allogene transplantatie genoemd.
