De belangrijk verschil tussen ectomycorrhizae en endomycorrhizae is dat de schimmelhyfen niet doordringen in de corticale cellen van de plantenwortels in ectomycorrhizae, terwijl de schimmelhyfen doordringen in de corticale cellen van de plantenwortels in endomycorrhizae.
Mycorrhizae is een belangrijke symbiotische relatie die optreedt tussen schimmels en wortels van hogere planten. Zowel schimmels als planten profiteren van deze associatie. Schimmelhyfen dringen de grond binnen en brengen voedingsstoffen naar de planten, terwijl planten ook voordelen bieden voor de schimmels. Daarom is het een ecologisch belangrijke relatie. Het belangrijkste is dat schimmelhyfen enkele meters kunnen groeien en water en voedingsstoffen, met name stikstof, fosfor en kalium, naar de wortels kunnen transporteren. Bovendien beschermt de mycorrhiza-associatie de plant tegen wortelpathogenen. Daarom zijn symptomen van een tekort aan voedingsstoffen minder waarschijnlijk bij planten die zich in deze symbiotische associaties bevinden. Er zijn twee soorten mycorrhizae als ectomycorrhizae en endomycorrhizae.
