Het belangrijkste verschil tussen allelopathie en antibiose is gebaseerd op het type effect dat door elk fenomeen wordt veroorzaakt. Allelopathie heeft zowel positieve als negatieve effecten op de relatie tussen twee of meer organismen, terwijl antibiose negatieve effecten heeft op een van de organismen die bij de relatie betrokken zijn.
Voeding speelt een belangrijke rol bij het overleven van organismen. Daarbij is de relatie tussen organismen voor de nutriëntenbehoefte cruciaal. Zowel allelopathie als antibiose zijn relaties die plaatsvinden tussen twee of meer organismen. Ze reageren echter in verschillende vormen op elkaar.
