Het belangrijkste verschil tussen bloed-hersenbarrière en bloed-CSF-barrière is dat bloed-hersenbarrière de barrière is die het bloedweefsel en het hersenweefsel scheidt, terwijl de bloed-CSF-barrière een functionele barrière is die het bloedweefsel en de hersenvocht scheidt.
Bloed-hersenbarrière en bloed-CSF-barrière zijn twee beschermende barrières in de hersenen. Ze zijn ook belangrijk bij het transporteren van moleculen door de hersenen en de perifere bloedweefsels. Bovendien hebben beide barrières nauwe kruispunten die de overdracht van niet-toxische verbindingen naar de hersenen vergemakkelijken.