Het belangrijkste verschil tussen primaire en secundaire metabolieten is dat primaire metabolieten de eindproducten zijn van het metabolisme die rechtstreeks deelnemen aan de normale groei, ontwikkeling en reproductie van een organisme, terwijl secundaire metabolieten de metabolieten zijn die niet rechtstreeks deelnemen aan normale groei, ontwikkeling en reproductie van een organisme.
Metabolieten nemen deel aan de groei van organismen door het metabolisme. Metabolisme is de som van alle biochemische reacties die in een organisme optreden. Er zijn twee hoofdcategorieën metabolieten, afhankelijk van de oorsprong en functie. Het zijn primaire metabolieten en secundaire metabolieten.
