Het belangrijkste verschil tussen decanteren en filtreren is dat decanteren twee componenten in een mengsel scheidt door één component af te gieten, terwijl filtratie twee componenten scheidt door één component af te filtreren.
Zowel decantatie als filtratie scheiden twee componenten in een vloeistof-vast mengsel of een mengsel van twee niet-mengbare vloeistoffen, onder invloed van de zwaartekracht. Bij de filtratie wordt voor deze scheiding echter een filtreerpapier of een ander geschikt filter gebruikt. Maar decanteren is gewoon het weggieten van de vloeistof om de vaste stof of de andere vloeistof in het mengsel te isoleren. Daarom is filtratie de meest nauwkeurige methode van de twee, maar in sommige gevallen is decanteren ook nuttig.