Het belangrijkste verschil tussen motief en domein is dat het motief niet onafhankelijk stabiel is, terwijl het domein onafhankelijk stabiel is.
Eiwitten zijn belangrijke biologische macromoleculen die in ons lichaam aanwezig zijn. Aan de andere kant bepaalt de genetische code van een gen de aminozuursequentie van een eiwit. Bovendien hebben eiwitten primaire, secundaire en tertiaire structuren. De primaire structuur is de aminozuursequentie van de polypeptideketen. Wanneer polypeptideketens met elkaar vouwen, vormt het de secundaire structuur van het eiwit. Alfa-helices, betavellen en super-secundaire structuren behoren tot de secundaire structuren. Bepaalde groepen van super-secundaire elementen staan bekend als eiwitmotieven. De tertiaire structuur van een eiwit verwijst naar de driedimensionale structuur die de functie van het eiwit bepaalt. Domein is een gevouwen gedeelte van een eiwitmolecuul, dat bolvormig is en een discrete functie heeft. Het is de fundamentele functionele en driedimensionale structuur van het eiwit.
