De belangrijk verschil tussen neurotransmitters en hormonen is dat neurotransmitters de chemische boodschappers zijn die door het zenuwstelsel worden gebruikt om zenuwimpulsen over de synapsen over te brengen, terwijl hormonen de chemische boodschappers zijn die door het endocriene systeem worden gebruikt om specifieke doelwitcellen te stimuleren of ermee te communiceren.
Het zenuwstelsel en het endocriene systeem zijn zeer belangrijke orgaansystemen in ons lichaam die verschillende activiteiten reguleren. Beide systemen zijn afhankelijk van de afgifte van speciale chemicaliën, respectievelijk als neurotransmitters of als hormonen. Deze neurotransmitters en hormonen werken als chemische boodschappers en vergemakkelijken de overdracht van zenuwimpulsen en de regulering van fysiologische activiteiten in ons lichaam.