Het belangrijkste verschil tussen Allogamy en Autogamy is dat Allogamy de fusie is van mannelijke en vrouwelijke gameten die afkomstig zijn van twee verschillende individuen, terwijl autogamie de fusie is van mannelijke en vrouwelijke gameten van hetzelfde individu. Een ander verschil tussen allogamie en autogamie met betrekking tot het geproduceerde nageslacht is dat de allogamie een genetisch ander nageslacht produceert, terwijl autogamie een genetisch identiek nageslacht produceert.
Fusie van een mannelijke gameet met een vrouwelijke gameet is bevruchting. Een zygote ontwikkelt zich als gevolg van bevruchting en ondergaat vervolgens celdeling om een nieuw nageslacht te produceren. Bovendien kan bevruchting twee soorten zijn; zelfbevruchting of kruisbestuiving. Allogamie is een synoniem voor kruisbestuiving en autogamie is een synoniem voor zelfbevruchting.
