De belangrijk verschil tussen mitochondriën en kinetoplast is dat mitochondriën zijn eukaryote celorganellen die energie (ATP) produceren. Ondertussen is kinetoplast een netwerk van circulair DNA dat aanwezig is in een groot mitochondrion, met name in protozoa van de klasse Kinetoplastea.
Eukaryote cellen hebben verschillende soorten celorganellen. Deze verschillende organellen vervullen verschillende functies binnen de levende cel. Van deze zijn mitochondriën een van de membraangebonden organellen die worden gezien in een eukaryote cel. Het zijn de organellen die verantwoordelijk zijn voor de productie van energie (in de vorm van ATP) in cellen. Daarom worden ze beschouwd als krachtpatsers van de cel. Mitochondria hebben hun eigen genoom, dat circulair DNA is dat moederlijk wordt overgeërfd. Kinetoplast is het netwerk van circulair DNA dat wordt waargenomen in het grote mitochondrion van de organismen die tot klasse Kinetoplastida behoren. Daarom worden kinetoplasten alleen in dit eukaryote subdomein gezien.
