De belangrijk verschil tussen genetische koppeling en onevenwichtigheid in de koppeling is dat genetische koppeling de neiging is van twee of meer genen van hetzelfde chromosoom om bij elkaar te blijven tijdens het overervingsproces, terwijl koppelingsonevenwichtigheid de niet-willekeurige associatie is van allelen op verschillende loci in een populatie..
Genetische koppeling en onevenwichtigheid in de koppeling zijn twee concepten in de genetica die volgen op niet-Mendeliaanse overerving. Genetische koppeling verwijst naar de fysieke toestand van verbondenheid in een chromosoom. In eenvoudige bewoordingen is het het proces waarbij genen dicht in een chromosoom zitten, zodat ze altijd samen worden overgeërfd tot gameten. Aan de andere kant, in populatiegenetica, verwijst koppelingsonevenwichtigheid naar de niet-willekeurige associatie van allelen op verschillende loci in een populatie. Het is de maat voor het verschil tussen de waargenomen frequentie van een bepaalde combinatie van allelen op twee loci en de verwachte frequentie voor de willekeurige associatie.