Het belangrijkste verschil tussen transaldolase en transketolase is hun functie. Transaldolase katalyseert de omzetting van sedoheptulose 7-fosfaat en glyceraldehyde 3-fosfaat in erythrose 4-fosfaat en fructose 6-fosfaat, terwijl transketolase de omzetting van xylulose 5-fosfaat en ribose 5-fosfaat in glyceraldehyde 3-fosfaat en sedoheptulose 7-fosfaat katalyseert.
De pentose-fosfaatroute is een metabolische route die parallel aan de glycolyse plaatsvindt. Het bestaat uit twee verschillende paden. In de pentosefosfaatroute wordt NADPH gegenereerd in de oxidatieve fase, terwijl pentosesuikers worden gegenereerd in de niet-oxidatieve fase. Naast pentosen en NADPH genereert deze route ribose 5-fosfaat, een voorloper voor nucleotidesynthese. Transaldolase en transketolase zijn twee enzymen die betrokken zijn bij de niet-oxidatieve fase van de pentosefosfaatroute.