De belangrijk verschil tussen viroïde en virusoïde is dat viroïde een klein infectieus agens is dat alleen bestaat uit een enkelstrengs RNA, terwijl virusoïde een type infectieus circulair enkelstrengs RNA is waarvoor een helpervirus nodig is om de cel te infecteren.
Viroïde en virusoïde zijn twee soorten infectieuze deeltjes die zijn samengesteld uit enkelstrengs RNA. Ze verschillen van virussen omdat ze geen eiwitmantel hebben. Net als virussen kunnen ze zichzelf echter niet vermenigvuldigen. Daarom hebben ze een gastheercel nodig om zich voort te planten. Bovendien zijn viroïden en virusoïden de kleinste subvirale replicons.