De belangrijk verschil tussen syntenie en collineariteit is dat syntenie de fysieke co-lokalisatie is van genetische loci op hetzelfde chromosoom in soorten, terwijl collineariteit de fysieke co-lokalisatie is van genetische loci op hetzelfde chromosoom in verschillende soorten die dezelfde volgorde behouden.
Syntenie en collineariteit zijn twee termen die in genomics door elkaar worden gebruikt. Beide termen beschrijven de genlokalisatiepatronen op chromosomen bij verschillende soorten. Deze verwante genarrangementen tussen de taxa zijn waardevolle informatie bij het afleiden van gedeelde voorouders van genen. Synteny verwijst naar de fysieke co-lokalisatie van genetische loci op hetzelfde chromosoom in soorten. Collineariteit verwijst naar de fysieke co-lokalisatie van genetische loci op hetzelfde chromosoom in verschillende soorten die dezelfde volgorde behouden. Daarom is het een vorm van syntenie.
