Het belangrijkste verschil tussen paddenstoelen en schimmel is dat de paddenstoelen vruchtlichamen zijn van bepaalde schimmels die behoren tot de orde Agaricales van phylum Basidiomycota, terwijl de schimmel een lid is van eukaryote micro-organismen zoals gist, schimmels, meeldauw, paddenstoelen, enz., Die behoren tot koninkrijk Fungi.
Kingdom Fungi is een van de vijf koninkrijken van levende organismen. Ze zijn echter een aparte klasse van micro-organismen die zich voortplanten uit sporen en dus verschillen van planten die fotosynthese kunnen uitvoeren om voedsel voor zichzelf te maken. Schimmels bestaan uit schimmels, gist, meeldauw en paddenstoelen. Bovendien kunnen schimmels eencellig of meercellig zijn. Champignons zijn vruchtlichamen van een bepaalde groep schimmels, en de meest voorkomende of bekende hiervan zijn die met een knopachtige structuur met een steel. Champignons kunnen eetbaar of niet-eetbaar (giftig) zijn.
