De belangrijk verschil tussen plasmide en chromosoom is dat het plasmide een circulaire dubbelstrengs extra-chromosomale DNA-structuur van bacteriën is, terwijl het chromosoom een goed georganiseerde draadachtige structuur is die genomisch DNA bevat dat strak is opgerold met eiwitten.
De bacteriële cel bevat een chromosoom en verschillende extra-chromosomale DNA-cirkels die plasmiden worden genoemd. Bacterieel chromosoom bevat het genomische DNA van bacteriën. Bovendien bestaat eukaryoot genomisch DNA ook als chromosomen. Het menselijk genoom heeft 46 chromosomen. Over het algemeen zijn plasmiden aanwezig in bacteriën en archaea. Hoewel bacteriën plasmiden hebben, bevatten plasmiden niet de genen die essentieel zijn voor het overleven van bacteriën en hun belangrijkste functies. Plasmiden bevatten echter verschillende genen die bacteriën extra voordelen bieden, zoals antibioticaresistentie, droogtetolerantie, herbicideresistentie, etc. Het doel van dit artikel is om het verschil tussen plasmide en chromosoom in detail te bespreken.