Het belangrijkste verschil tussen shotgun-sequencing en next-generation sequencing is dat shotgun-sequencing een sequentiemethode is die DNA-sequenties willekeurig opsplitst in vele kleine fragmenten en de sequentie opnieuw samenstelt door de overlappende regio's te observeren, terwijl Next Generation Sequencing (NGS) een geavanceerde methode is van genetische sequentiebepaling die afhangt van capillaire elektroforese.
Sequentiebepaling is het proces dat de precieze volgorde van nucleotiden in een gen, een cluster van genen, chromosomen en een compleet genoom bepaalt. Het is erg belangrijk in genomische studies, forensische studies, virologie, biologische systematische, medische diagnose, biotechnologie en op vele andere gebieden om de structuur en functie van genen en identificatie van organismen te analyseren. Bovendien zijn er verschillende soorten sequentiemethoden beschikbaar. Shotgun-sequencing en Next Generation-sequencing zijn twee geavanceerde methoden.
