Het belangrijkste verschil tussen homologe structuren en rudimentaire structuren is dat homologe structuren de anatomisch vergelijkbare structuren zijn die worden aangetroffen in verschillende organismen die een gemeenschappelijke voorouder delen, terwijl rudimentaire structuren de anatomische structuren zijn die hun bruikbaarheid voor een organisme hebben verloren.
Homologe structuren zijn rudimentaire structuren zijn twee soorten anatomische structuren die evolutionair belangrijk zijn. Homologe structuren zijn vergelijkbare structuren die aanwezig zijn in verschillende organismen en afkomstig zijn van een gemeenschappelijke voorouder. Rudimentaire structuren zijn daarentegen structuren die niet langer nuttig zijn voor organismen en die een kleinere omvang hebben.