Het belangrijkste verschil tussen gelfiltratie en gelpermeatiechromatografie is dat de mobiele fase van gelfiltratiechromatografie een waterige oplossing is, terwijl de mobiele fase van gelpermeatiechromatografie een organisch oplosmiddel is.
Zowel gelfiltratie als gelpermeatiechromatografie vallen onder de categorie van grootte-uitsluitingschromatografie, waarin we de moleculen in een oplossing kunnen scheiden, afhankelijk van hun grootte. Dat wil zeggen dat we soms de moleculen kunnen scheiden op basis van hun molecuulgewicht. Meestal gebruiken we deze technieken om complexe moleculen zoals eiwitten te scheiden en op industriële schaal om polymeermaterialen te scheiden. Het belangrijkste verschil tussen gelfiltratie en gelpermeatiechromatografie zit in de mobiele fase die we in elke techniek gebruiken.
