Het belangrijkste verschil tussen kunstmatige embryo-twinning en somatische celkernoverdracht is dat kunstmatige embryo-twinning de techniek is waarbij het splitsen van een bevruchte eicel in twee genetisch identieke embryo's plaatsvindt onder in vitro-omstandigheden, terwijl somatische celkernoverdracht een techniek is waarbij een somatische celkern in een ontkernde eicel vindt plaats onder in vitro omstandigheden.
Moleculair klonen is een belangrijke techniek bij het produceren van recombinante organismen met verbeterde karakters. Kunstmatige twinning van embryo's en overdracht van somatische celkern zijn twee van dergelijke technieken die onder in vitro-omstandigheden worden gebruikt om klonen te maken voor zowel reproductieve als therapeutische doeleinden. Er is echter een verschil tussen kunstmatige embryo-twinning en somatische celkernoverdracht in termen van hun kloonmethode.