Het belangrijkste verschil tussen acranie en anencefalie is de aan- en afwezigheid van hersenweefsel. Acrania is een aangeboren aandoening waarbij het hersenweefsel aanwezig is, terwijl anencefalie een aangeboren aandoening is waarbij het hersenweefsel afwezig is.
Aangeboren aandoeningen ontstaan door neurale defecten die optreden tijdens de zwangerschap. Ze geven aanleiding tot een hoge sterfte. Acrania en Anencefalie zijn twee van dergelijke aangeboren aandoeningen die bij zuigelingen worden gezien. Baby's met acranie en anencefalie hebben hersenaandoeningen; daardoor hebben ze problemen met herkenning, geheugen en intelligentie.