De belangrijk verschil tussen fagocytose en opsonisatie is dat fagocytose een mechanisme is dat door bepaalde cellen of organismen wordt uitgevoerd om vreemde deeltjes op te nemen of te verzwelgen, terwijl opsonisatie het proces is waarbij pathogenen uit het systeem worden verwijderd nadat ze zijn gemarkeerd door middel van opsonines.
Immunologische reacties kunnen aangeboren of adaptief zijn. Pathogenen hebben receptoren voor de herkenning van pathogenen die het gemakkelijker maken om door de gastheer te worden geïdentificeerd. Opsonisatie en fagocytose zijn twee immunologische reacties. Bij opsonisatie identificeert en markeert de gastheer binnendringende deeltjes voor vernietiging door de productie van opsonines. Fagocytose is een mechanisme waardoor bepaalde immuuncellen binnendringende deeltjes of vreemde deeltjes uit het lichaam verzwelgen en vernietigen.
