Het belangrijkste verschil tussen opsonisatie en neutralisatie is afhankelijk van de manier waarop ze de immunologische respons uitvoeren. Bij opsonisatie worden de pathogenen gemarkeerd voordat ze worden vernietigd, terwijl bij neutralisatie het effect van de pathogeen wordt geneutraliseerd.
Immunologische reacties kunnen aangeboren of adaptief zijn. Ziekteverwekkers hebben receptoren voor de herkenning van ziekteverwekkers, die het gemakkelijker maken om door de gastheer te worden geïdentificeerd. Bij opsonisatie produceert de host opsonins. Bij neutralisatie produceert de gastheer echter neutraliserende antilichamen om het effect van de antilichaam-antigeenreactie te neutraliseren.
