De belangrijk verschil tussen fagocytose en pinocytose is dat fagocytose een vorm van endocytose is die vaste stoffen via het plasmamembraan naar de cel opneemt, terwijl pinocytose een andere vorm van endocytose is die vloeistoffen opneemt, waaronder opgeloste stoffen en kleine moleculen door het plasmamembraan naar de cel.
Endocytose is een mechanisme waarmee cellen macromoleculen en andere zwevende deeltjes opnemen, waaronder celdelen, macromoleculaire aggregaten en vreemde deeltjes in de cel. Exocytose is het tegenovergestelde mechanisme van endocytose waardoor cellen stoffen uit de cellen sluiten. Exocytose vindt voornamelijk plaats in secretoire cellen. Er zijn twee soorten endocytose op basis van de aard van de deeltjes die in levende cellen worden opgenomen. Het zijn fagocytose en pinocytose. Het mechanisme dat in beide processen wordt gebruikt, is hetzelfde. Ze vormen blaasjes die de materialen omringen om ze naar binnen te brengen. Beide processen zijn actieve processen. Daarom kunt u mitochondriën observeren nabij de oppervlakken waar deze processen plaatsvinden.