Het belangrijkste verschil tussen calciumhypochloriet en natriumhypochloriet is dat het calciumhypochloriet twee hypochlorietanionen bevat die zijn geassocieerd met één calciumkation, terwijl natriumhypochloriet één hypochlorietanion bevat dat is geassocieerd met één natriumkation. Uiterlijk is calciumhypochloriet een wit tot grijs poeder, terwijl natriumhypochloriet een groenachtig gele vaste stof is met een zoete geur.
Calcium- en natriumhypochloriet zijn ionische verbindingen die een metaalkation en een van chloor afgeleid anion bevatten. Het aantal anionen per kation van deze verbindingen verschilt van elkaar volgens de valentie van het metaalkation.