De belangrijk verschil tussen chemotaxis en fagocytose is dat de chemotaxis een gerichte migratie is van cellen of een organisme langs een chemische concentratiegradiënt, terwijl fagocytose een mechanisme is dat vreemde infectieuze deeltjes overspoelt om ze te neutraliseren of te vernietigen.
Leukocyten zijn belangrijke cellen van het immuunsysteem. Het zijn witte bloedcellen. Sommige leukocyten zijn fagocyten. Fagocyten gebruiken fagocytose om vreemde deeltjes op te slokken. Monocyten, neutrofielen en macrofagen zijn enkele voorbeelden van fagocyten. Om antigenen of vreemde deeltjes te bereiken, gebruiken fagocyten chemotaxis. Chemotaxis is de beweging van cellen of organismen naar of weg van de chemische stimuli. Bovendien mobiliseren fagocyten en immuuncellen zich via chemotaxis naar de plaats van infectie, weefselschade en immuunreacties.