De belangrijk verschil tussen endocytose en fagocytose is dat endocytose het proces is waarbij de materie de cel in wordt gebracht door celmembraanblaasjes te vormen, terwijl fagocytose het proces is waarbij de grote vaste stof in de cel wordt gebracht door fagosomen te vormen.
Endocytose en fagocytose zijn twee transportmechanismen die materialen naar de cel brengen. Endocytose is van drie categorieën. Onder hen zijn fagocytose en pinocytose de twee meest voorkomende soorten. Bovendien is fagocytose een vorm van endocytose. Tijdens beide mechanismen worden materialen opgenomen in blaasjes. Deze materialen omvatten celafval, enzymen, dode cellen, pathogenen, hormonen, voedingsstoffen, enz. Het tegenovergestelde mechanisme van endocytose is exocytose, waarbij materiaal uit de cel wordt verwijderd die in blaasjes zit.
