Het belangrijkste verschil tussen lineaire en roterende moleculaire motoren is voornamelijk op basis van de beweging van de complexen die het motoreiwit vormen. Terwijl lineaire moleculaire motoren een unidirectionele lineaire beweging tussen complexen vertonen, vertonen roterende moleculaire motoren roterende bewegingen rond verschillende complexen die de moleculaire motor vormen.
Moleculaire motoren zijn belangrijke biomoleculen die deelnemen aan veel reacties, vooral in verband met energieopwekking in termen van adenosinetrifosfaat (ATP). Ze spelen een centrale rol in het uurwerk of mechanisch werk. Motoreiwitten gebruiken vrije energie van ATP of nucleotide-trifosfaathydrolyse om een mechanische kracht te produceren. Er zijn twee soorten moleculaire motoren als lineaire moleculaire motoren en roterende moleculaire motoren. Ze vertegenwoordigen twee modi van motorwerking.
