Belangrijkste verschil - Genotypering versus sequencing
Genotypering en sequentiebepaling zijn twee technieken die worden uitgevoerd om informatie te verkrijgen over de nucleïnezuren, voornamelijk het DNA van een organisme. Het belangrijkste verschil tussen genotypering en sequentiebepaling is dat genotypering het proces is om te bepalen welke genetische variant het individu bezit met behulp van markers, terwijl sequencing de bepaling is van de juiste volgorde van de nucleotidesequentie binnen het gegeven DNA-fragment.
INHOUD
1. Overzicht en belangrijkste verschil
2. Wat is genotypering
3. Wat is sequencing
4. Vergelijking naast elkaar - Genotypering versus sequentiebepaling
5. Samenvatting
Wat is genotypering?
Genotypering is de bepaling van de genetische samenstelling van een individu met behulp van een reeks DNA en markers en vergelijking en identificatie van zijn overerving. Genotypering is belangrijk in evolutionaire biologie, populatiebiologie, taxonomie, ecologie en genetica van de organismen. Het kan worden uitgevoerd met verschillende technieken, waaronder DNA-sequentiebepaling, polymerasekettingreactie, restrictiefragmentlengtepolymorfisme (RFLP), willekeurig geamplificeerde polymorfe detectie, geamplificeerd fragmentlengtepolymorfisme (AFLP), DNA-microarrays, enz.
Genotypering omvat het sequencen van bepaalde kleine fragmenten van DNA-sequenties en het vinden van verwantschap van de genetische samenstelling met andere individuen met behulp van genetische markers. Het bepaalt de enkele nucleotide polymorfismen (SNP's) onder de individuen of de specifieke allelen. Genotypering is toepasbaar op een breed scala aan organismen, inclusief de mens. Het is ook toepasbaar op micro-organismen zoals virussen, schimmels etc. en kan worden gebruikt om hun genetische varianten te bepalen met de referentieprofielen. In de moleculaire epidemiologie en forensische microbiologie wordt de beheersing van pathogenen, in het bijzonder micro-organismen, gedaan door de informatie die wordt verkregen door genotypering. Genotypering is erg belangrijk bij stamboomanalyse. Mensen worden gegenotypeerd om moederschap en vaderschap te bevestigen. Genotype zal de dominante en recessieve allelen van genen onthullen die specifieke eigenschappen bepalen.
Figuur_1: RFLP-genotypering
Wat is reeksen?
Sequentiebepaling is het proces waarbij de juiste volgorde van de nucleotide in een bepaald fragment van DNA of RNA wordt bepaald. Vrijwel alle informatie die nodig is voor de groei en ontwikkeling van een organisme is gecodeerd in zijn genoom. De beschikbaarheid van technieken om een paar honderd nucleotiden lange nucleïnezuurfragmenten te produceren en te scheiden, leidde tot de ontwikkeling van procedures om de exacte nucleotidesequentie van een bepaald fragment van DNA of RNA te bepalen. Er zijn tegenwoordig verschillende soorten sequentiemethoden beschikbaar. Deze sequentiemethoden, samen met de technologieën voor de constructie van genoombibliotheken die het volledige genoom van een organisme vertegenwoordigen, vergemakkelijken de sequentiebepaling van het volledige genoom van dat organisme, door een diepgaande analyse van genstructuren, genfuncties, genlocaties, genexpressies, gen mapping, genregulerende regio's etc.
Van de totale genomen van veel virussen, verschillende bacteriën, archaebacteriën, gisten en verschillende andere organismen is de sequentie bepaald en in kaart gebracht. Het menselijk genoomproject heeft het mogelijk gemaakt om het volledige menselijke genoom te sequencen en in kaart te brengen en de eerste versie ervan in 2003 te publiceren. Het is een belangrijke mijlpaal in de vooruitgang van de biologie. Menselijke genoomsequenties worden nu in de medische sector gebruikt om genetische oorzaken van zeldzame ziekten te identificeren, ziekterisico's bij pasgeborenen te screenen, genetische details van verschillende kankers te identificeren, nieuwe therapieën te ontwikkelen en nieuwe diagnostische instrumenten te ontwikkelen, enz.
In de plantenwereld is de sequentie van het genoom van rijst en Arabidopsis bepaald. Kennis van deze sequenties zal ongetwijfeld een revolutie teweegbrengen in ons begrip van hoe cellen en organismen functioneren.
Figuur_2: een autoradiogram van sanger-sequencing
Wat is het verschil tussen Genotypering en Sequencing?
Diff Artikel Midden voor Tafel
Genotypering versus sequencing |
|
| Genotypering is het proces waarbij de genetische samenstelling van een individu wordt bepaald en de groep of de taxonomie van dat organisme wordt gecontroleerd. | Sequentiebepaling is het proces waarbij de precieze volgorde van nucleotiden van een bepaald DNA- of RNA-fragment wordt bepaald. |
| Technieken | |
| RFLP, gensequentiebepaling, PCR, DNA-microarrays, AFLP enz. | Sanger-sequencing, Gilbert-sequencing, Pyrosequencing, Next Generation-sequencing, Shotgun-sequencing etc. |
| Grote zorgen | |
| Dit is meer bezorgd over de vraag of de genotype-verschillen de feitelijke fenotype-verschillen geven. | Dit is meer bezorgd over de volgorde van de nucleotiden en de verschillen en veranderingen met andere organismen. |
Samenvatting - Genotypering versus sequencing
Genotypering en sequencing zijn nuttig voor het bestuderen van de genetische informatie van organismen. Genotypering is het proces van het bepalen van genotype-variaties tussen individuen en het vinden van hun categorieën. Sequentiebepaling is het proces waarbij de juiste volgorde van de nucleotiden in het geïnteresseerde fragment of het DNA-gebied wordt bepaald. Beide technieken geven belangrijke informatie over de genen en genomen.
