Het belangrijkste verschil tussen klonen door kloonsequencing en shotgun-sequencing ligt in hun gedragsmethode. Kloon-door-kloonsequencing-methode omvat het in kaart brengen van chromosomen en klonen voorafgaand aan sequencing, terwijl kloon door middel van shotgun-sequencing zowel chromosoom-mapping als kloneringsstappen tijdens de sequencing weglaat.
Kloon door kloonsequencing en kloon door shotgun-sequencing zijn twee methoden voor moderne genoomsequencing. Clone by clone-sequencing is een betrouwbaardere methode voor sequencing. De methode van klonen door middel van shotgun-sequencing is echter sneller en goedkoper. Het artikel concentreert zich op het subtiele verschil tussen kloon-door-kloonsequencing en shotgun-sequencing.