Belangrijkste verschil - Benzonase versus DNase
Afbraak van nucleïnezuren is belangrijk voor veel moleculair biologische technieken. Het wordt veel gebruikt in recombinant-DNA-technologie om ongewenste fragmenten van DNA en RNA te verwijderen. Nucleïnezuurafbrekende enzymen worden nucleasen genoemd en ze kunnen van verschillende typen zijn op basis van de vereiste functie. Nucleasen die DNA afbreken staan bekend als DNases, terwijl degenen die RNA afbreken bekende RNases zijn. Deze enzymen worden meestal gebruikt in in vitro experimenten waarbij in vitro moleculaire testen worden uitgevoerd om puur DNA, RNA of eiwitten te isoleren. Benzonasen zijn een soort nucleasen die zowel DNA als RNA afbreken, terwijl DNasen alleen DNA afbreken. Dit is het belangrijkste verschil tussen Benzonase en DNase.
INHOUD
1. Overzicht en belangrijkste verschil
2. Wat is Benzonase
3. Wat is DNase
4. Overeenkomsten tussen Benzonase en DNase
5. Vergelijking zij aan zij - Benzonase versus DNase in tabelvorm
6. Samenvatting
Wat is Benzonase?
Benzonase is een genetisch gemanipuleerde endonuclease van Serratia marcescens. Dit enzym wordt op industriële schaal geproduceerd in E. coli-gastheren. Benzonase is in staat om dubbelstrengs DNA, lineair DNA, circulair DNA en enkelstrengs RNA te splitsen. Benzonase is dus commercieel belangrijk. Benzonase-enzym is een eiwitdimeer dat 245 identieke aminozuren heeft, ~ 30 kDa-subeenheden met twee essentiële disulfidebindingen. Benzonase splitst nucleïnezuren aan het 5'-uiteinde en resulteert in fragmenten met vrije 5'-uiteinden. Benzonase kan nucleïnezuren in elke sequentie splitsen, maar geeft de voorkeur aan GC-rijke regio's.
Benzonase wordt bewaard bij -20 ° C. De optimale pH voor enzymactiviteit blijkt 8,0 - 9,2 te zijn. De toepassingen van Benzonase omvatten monstervoorbereiding voor eiwit 2D-gelelektroforese waarbij Benzonase gebonden nucleïnezuren verwijdert en verwijdering van nucleïnezuurverontreinigingen uit recombinante eiwitbereidingen. Het wordt ook gebruikt om de viscositeit van eiwitextracten te verminderen en klontering van cellen in een celmengsel te voorkomen.
Wat is DNase?
DNase is een nuclease, hydrolytisch enzym dat alleen dubbelstrengs DNA kan splitsen. Er zijn twee hoofdtypen DNases: DNase I en DNase II. DNase I neemt deel aan het splitsen van dubbelstrengs DNA om polynucleotiden met 5'-vrije uiteinden te produceren. DNase II is betrokken bij het splitsen van dubbelstrengs DNA om polynucleotidestrengen te produceren met 3 'vrije uiteinden of overhangende delen.
DNase I
DNase I functioneert bij een optimale pH tussen 7,0 - 8,0. De enzymactiviteit is afhankelijk van vele ionische cofactoren, waaronder Ca 2+, Mg 2+ of Mn 2+. De activiteit van Mg 2+ en Mn 2+ bepaalt de functie van DNase I. In aanwezigheid van Mg 2+ splitst DNase I elke streng van dsDNA onafhankelijk. Dit gebeurt op een willekeurige manier. In tegenstelling hiermee splitst het enzym in aanwezigheid van Mn 2+ beide DNA-strengen op ongeveer dezelfde plaats. Deze splitsing zal resulteren in het produceren van twee soorten DNA-fragmenten; een type met stompe uiteinden en een ander type met een of twee nucleotide-overhangen.
Figuur 02: DNase
DNase II
DNase II functioneert bij een optimale pH van 4,5-5,0 en voor zijn activiteit zijn tweewaardige metaalionen vereist, vergelijkbaar met DNase I. Het is bekend dat het mechanisme van DNase II uit drie hoofdstappen bestaat.
- Meerdere enkelstrengs breuken worden geïnduceerd in de DNA-ruggengraat.
- In zuur oplosbare nucleotiden en oligonucleotiden worden geproduceerd.
- In de laatste fase treedt niet-lineaire hyperchrome verschuiving op.
De belangrijkste remmers van DNase-enzym zijn metaalchelatoren, overgangsmetalen en chemicaliën zoals natriumdodecylsulfaat en β-mercaptoethanol.
De belangrijkste toepassingen van DNase zijn onder meer de bereiding van DNA-vrije RNA-extracten en eiwitextracten, en het verwijderen van template-DNA tijdens in vitro transcriptie-experimenten.
Wat zijn de overeenkomsten tussen benzonase en DNase?
- Beide zijn hydrolytische enzymen.
- Beide zijn nucleasen.
- Beiden nemen deel door de fosfodiësterbindingen van nucleïnezuren te splitsen.
- Beide vereisen een optimale pH en opslagtemperaturen om de activiteit van het enzym te behouden.
- Remmers van enzymen zijn onder meer chelaatvormers, overgangsmetalen en chemische wasmiddelen.
- Toepassingen zijn voornamelijk gericht op het verkrijgen van zeer zuivere extracten van DNA, RNA en eiwitten.
- Beide enzymen kunnen worden geproduceerd via genetische manipulatie.
Wat is het verschil tussen Benzonase en DNase?
Diff Artikel Midden voor Tafel
Benzonase versus DNase |
|
| Benzonase is een enzym dat in staat is om dubbelstrengs DNA, lineair DNA, circulair DNA en RNA te splitsen. | DNase is een enzym dat in staat is om dubbelstrengs DNA te splitsen. |
| Substraat voor het enzym | |
| Zowel DNA als RNA zijn substraten voor benzonase. | DNA is het substraat voor DNase. |
| Structuur | |
| Het optimale pH-bereik van Benzonase is 7,0 -8,0 | Optimale pH-bereiken van DNase I is 7,0 - 8,0 en DNase II is 4,5 - 5,0. |
Samenvatting - Benzonase versus DNase
Nuclease-enzymen worden veel gebruikt in verschillende experimentele procedures met betrekking tot moleculaire biologie en genetische manipulatie. Benzonase en DNase zijn twee soorten nucleasen. Benzonase is betrokken bij het afbreken van zowel DNA als RNA, terwijl DNase betrokken is bij het splitsen van dubbelstrengs DNA. Dit is het fundamentele verschil tussen benzonase en DNase. Momenteel worden beide nucleasetypes geproduceerd door middel van recombinant-DNA-technologie die enzymen van hogere kwaliteit oplevert die zijn geoptimaliseerd voor maximale productie.
Download de pdf-versie van Benzonase versus DNase
U kunt de PDF-versie van dit artikel downloaden en voor offline doeleinden gebruiken volgens de citatienota. Download hier de pdf-versie. Verschil tussen Benzonase en DNase
