Het belangrijkste verschil tussen mesenchym en ectomesenchym hangt af van het type cellen dat ze bevatten. Mesenchym bevat losse cellen die gemakkelijk migreren om het grondweefsel van collageen en bot- en kraakbeenweefsel te vormen, terwijl ectomesenchym neurale kamcellen bevat en de weefsels van nek en schedel vormt.
Zowel mesenchym als ectomesenchym zijn aanwezig in het embryonale stadium. De ontwikkeling van het mesenchym en het ectomesenchym is belangrijk om de ontwikkeling van verschillende weefsels die uit deze cellen ontstaan te bestuderen.
