De belangrijk verschil tussen mesoderm en mesenchym is dat mesoderm een van de drie kiemlagen is van bilateraal symmetrische dieren, terwijl mesenchym een ongedifferentieerd weefsel is dat wordt aangetroffen in embryonaal echt mesoderm.
Bij diploblastische dieren is het lichaamsplan relatief eenvoudig met twee lagen cellen. De twee lagen zijn het buitenste ectoderm en het binnenste endoderm. De ectodermcellen zijn gericht op de omgeving en de endodermcellen zijn gericht op de enteron, een holte met een enkele opening naar buiten. De opening is de mond. Bovendien is triploblastische toestand de aandoening waarbij een derde laag bekend als het mesoderm wordt ontwikkeld in het embryo. Mesoderm ligt tussen het ectoderm en het endoderm en scheidt de twee cellagen. De derde laag is belangrijk voor het lichaam. Bij bepaalde dieren blijft een groot deel van het mesoderm ongedifferentieerd en vormt het een pakkingweefsel dat bekend staat als het mesenchym, dat de organen van het lichaam ondersteunt en beschermt.
