Het belangrijkste verschil tussen chordaten en niet-chordaten komt voort uit de aan- en afwezigheid van een notochord. Chordaten zijn organismen met een duidelijke notochord ontwikkeld tot wervelkolom. Daarentegen zijn niet-chordaten organismen die geen notochord of wervelkolom hebben.
Chordates en non chordates zijn twee phyla die behoren tot het koninkrijk Animalia. Ze worden gekarakteriseerd op basis van primaire evolutionaire kenmerken. Na evolutie ontwikkelden dieren een notochord waardoor ze chordaten werden.