Het belangrijkste verschil tussen samengestelde en niet-samengestelde transposons is dat samengestelde transposons twee flankerende insertiesequenties hebben, terwijl niet-composiettransposons omgekeerde herhalingen hebben in plaats van flankerende insertiesequenties.
Een transposon is een fragment van DNA dat kan worden getransloceerd binnen het bacteriële genoom. Het zijn mobiele DNA-sequenties. Ze verhuizen naar nieuwe locaties van het genoom. Deze bewegingen zorgen voor veranderingen in de volgorde van het bacteriële genoom, waardoor er significante veranderingen in genetische informatie ontstaan. Het zijn de transponeerbare genetische elementen die verantwoordelijk zijn voor het vaststellen van nieuwe genetische sequenties in bacteriën. Transposons worden ook wel springgenen genoemd omdat deze springsequenties de transcriptie van genen kunnen blokkeren en het genetische materiaal van bacteriën kunnen herschikken. Bovendien zijn ze verantwoordelijk voor de beweging van geneesmiddelresistentie, antibioticumresistentiegenen tussen plasmiden en chromosomen. Er zijn twee soorten transposons als samengestelde en niet-samengestelde transposons.
