De belangrijk verschil tussen resonantie en mesomeer effect is dat de resonantie het resultaat is van interactie tussen alleenstaande elektronenparen en bindingselektronenparen, terwijl het mesomere effect het gevolg is van de aanwezigheid van substituentgroepen of functionele groepen.
De twee chemische concepten resonantie en mesomeer effect bepalen de exacte chemische structuur van een organisch molecuul. De resonantie ontstaat in moleculen met eenzame elektronenparen op een van de atomen in het molecuul. Het mesomere effect ontstaat als een molecuul substituenten of functionele groepen heeft. Beide verschijnselen komen veel voor in organische moleculen.
