Het belangrijkste verschil tussen endocytose en exocytose is dat endocytose stoffen in de cel brengt, terwijl exocytose stoffen naar de buitenkant van de cel transporteert.
Een cel heeft een celmembraan dat fungeert als een barrière tussen het celbinnenland en de externe omgeving. Daarom hebben cellen met zo'n membraan een soort transportmechanisme nodig om verbinding te maken met de externe omgeving. Cellen hebben bijvoorbeeld voedingsstoffen nodig en afvalstoffen uit de cel te scheiden. Voor dit doel hebben cellen vier basismechanismen voor transport: diffusie, osmose, actief transport en bulktransport. Diffusie en osmose zijn passieve processen, terwijl actief transport en bulktransport actieve processen zijn die energie verbruiken. Endocytose en exocytose zijn twee soorten bulktransportmechanismen, die grote deeltjes door het plasmamembraan transporteren, hetzij van cel naar de externe omgeving of van de externe omgeving naar de cel. Beide mechanismen vormen membraangebonden blaasjes als transportmiddel.
