Het belangrijkste verschil tussen bioaccumulatie en biomagnificatie is dat bioaccumulatie verwijst naar de opbouw van een giftige chemische stof in het lichaam van een levend organisme, terwijl biomagnificatie de toename is van de concentratie van een giftige chemische stof wanneer deze langs een voedselketen gaat.
Voedselketens zijn belangrijke onderlinge relaties tussen de organismen in de ecosystemen. Het begint met een primaire producent, voornamelijk een plant die fotoautotroof is. Planten produceren voedsel voor zichzelf met behulp van zonlicht en anorganische koolstofbronnen. Herbivoren bezetten het tweede niveau van een voedselketen Volgende niveaus worden vaak ingenomen door alleseters en carnivoren. Voedselketens verklaren mooi de afhankelijkheid van elk niveau voor voedsel. Evenzo wordt het voedsel dat op het onderste niveau wordt geproduceerd, naar de bovenste niveaus geleid. Samen met het voedsel kunnen alle stoffen in de onderste trofische niveaus ook samen met de voedingsstoffen naar de bovenste niveaus worden doorgegeven. Bioaccumulatie en biomagnificatie zijn twee verschijnselen die verband houden met het doorgeven van schadelijke stoffen langs de voedselketens naar de bovenste niveaus.
