Het belangrijkste verschil tussen BLAST en FastA is dat de BLAST een basisuitlijningshulpmiddel is dat beschikbaar is op de National Center for Biotechnology Information-website, terwijl FastA een zoekhulpmiddel is dat beschikbaar is op de website van het European Bioinformatics Institute.
BLAST en FastA zijn twee software die veel wordt gebruikt om biologische sequenties van DNA, aminozuren, eiwitten en nucleotiden van verschillende soorten te vergelijken en te zoeken naar hun overeenkomsten. Deze algoritmen zijn geschreven met het oog op snelheid. Omdat, toen wetenschappers halverwege de jaren tachtig in het laboratorium DNA konden isoleren, het de behoefte deed ontstaan om met hoge snelheid identieke genen te vergelijken en te vinden voor verder onderzoek. Daarom zijn deze twee software zo ontwikkeld dat de gebruiker snel kan zoeken naar vergelijkbare sequenties met die van hun querysequenties.
BLAST is een acroniem voor Basic Local Alignment Search Tool en gebruikt de gelokaliseerde benadering bij het vergelijken van de twee sequenties. FastA is software die verwijst naar Fast A, waarbij A staat voor All. Hier werkt de software met alfabetten zoals Fast A voor DNA-sequencing en Fast P voor proteïne. Zowel BLAST als FastA zijn erg snel in het vergelijken van elke genoomdatabase en zijn daarom zowel in geld als in tijdsbesparing zeer haalbaar.
