De belangrijk verschil tussen micronucleus en macronucleus is dat micronucleus de kleinere kern is die het kiembaangenoom van de ciliaatprotozoa bevat, terwijl macronucleus de grootste kern is, die het somatische genoom van ciliaatprotozoa bevat.
Nucleair dimorfisme is het fenomeen van het hebben van twee verschillende soorten kernen in dezelfde cel. Het is een speciale eigenschap die aanwezig is in protozoaire ciliaten en sommige foraminiferen. Deze twee kernen zijn de macronucleus en micronucleus. Ze bevatten afzonderlijke genomen. De macronucleus is de grotere die het metabolisme van de ciliaatprotozoa regelt, terwijl de micronucleus de kleinere is die reproductieve functies uitvoert en de macronucleus genereert.
