De belangrijk verschil tussen protomeren en capsomeren is dat protomeren structurele eenheden zijn van oligomere eiwitten, terwijl capsomeren individuele eiwitten zijn die zijn samengesteld uit protomeren, die structurele subeenheden zijn van het virale capside.
Een virus is een intracellulaire obligate parasiet, een infectieus deeltje. De capside is een van de twee belangrijkste componenten van een virusdeeltje. Het is een eiwitlaag die het virale genoom omgeeft en beschermt. Een capside bestaat uit protomeren, de structurele eenheden van oligomere eiwitten. Capsomere is een structurele subeenheid van het virale capside en is een aggregatie van verschillende protomeren als een eenheid. Aldus assembleren protomeren zichzelf om een capsomeer te vormen en capsomeren zelfassemblage om een capside te vormen.
