De belangrijk verschil tussen mastigomycotina en zygomycota is dat mastigomycotina een polyfyletische groep schimmels is die flagellerende cellen produceren en rhizoïden hebben, terwijl zygomycota een divisie is van schimmels die karakteristieke resistente bolvormige sporen produceren die zygosporen worden genoemd tijdens de seksuele voortplanting.
Schimmels zijn draadvormige eukaryote organismen die behoren tot Kingdom Fungi. Ze produceren zowel seksuele als aseksuele sporen. Het kunnen saprofyten of parasieten zijn. Er zijn verschillende soorten schimmelgroepen. De belangrijkste groepen zijn mastigomycotina, zygomycota, ascomycota, basidiomycota en deuteromycota. Mastigomycotina bestaat uit zoösporeuze schimmels waarvan er vele uitsluitend in het water leven. Zygomycota-schimmels zijn conjugatieve schimmels die karakteristieke zygosporen produceren. Ascomycota-schimmels zijn zakschimmels die een zakachtige structuur produceren die ascus wordt genoemd. Basidiomycota-schimmels produceren een knotsvormige structuur die basidium wordt genoemd. Deuteromycota-schimmels zijn fungi imperfecti, wat betekent dat ze alleen de aseksuele of myceliale toestand hebben.
